W praktyce przedsiębiorcy wprowadzają̨ bardzo rożne rozwiązania – od prostych komunikatów zachęcających pracowników do zgłaszania nieprawidłowości przełożonym, przez skrzynki na papierowe zgłoszenia, po bardziej rozbudowane systemy obejmujące specjalne kanały komunikacji, zespoły wyznaczone do zajmowania się zgłoszeniami i ścisłe procedury zajmowania się zgłoszeniami.

Wybór odpowiedniego systemu zgłaszania nieprawidłowości zależy przede wszystkim od wielkości organizacji, liczby pracowników, rodzaju potencjalnych nieprawidłowości oraz kultury organizacyjnej.

Dyrektywa określa minimalne wymagania, które powinny spełniać systemy zgłaszania nieprawidłowości. Jednym z takich wymogów będzie konieczność zapewnienia sygnaliście pełnej poufności jego danych (jeśli dokona zgłoszenia imiennie; dyrektywa pozostawia państwom członkowskim swobodę̨ decyzyjną w kwestii uregulowania kwestii przyjmowania i rozpoznawania zgłoszeń anonimowych). Ten wymóg w dużej mierze spowoduje, że przedsiębiorcy będą̨ zmuszeni odejść od prostszych rozwiązań́ (skrzynka na listy w zakładzie pracy, skrzynka e-mailowa jednego z pracowników) na rzecz rozwiązań́ oferowanych przez wyspecjalizowane podmioty (platformy zgłaszania nieprawidłowości takie jak WhiBlo-aplikacja do anonimowego zgłaszania naruszeń)

Najważniejsze obowiązki pracodawców w związku dyrektywa w sprawie ochrony osób zgłaszających przypadki naruszenia prawa Unii:

• Utworzenie wewnętrznego kanału i opracowanie procedur, przy wykorzystaniu których pracownicy będą mieli możliwość dokonywania zgłoszeń naruszeń, przy czym:
• Kanały przyjmowania zgłoszeń mają zapewnić poufność osoby dokonującej zgłoszenia i osoby wskazanej w zgłoszeniu i zapewnić, że nieupoważnieni członkowie personelu nie będą mieć do tych danych dostępu  - dyrektywa przewiduje, że tożsamość sygnalisty w zasadzie nie może być ujawniona żadnej osobie, która nie jest upoważnionym członkiem personelu właściwym do przyjmowania zgłoszeń i podejmowania działań następczych (wyjątkiem od tej zasady jest przypadek, gdy ujawnienie jest konieczne w zw. z prowadzonymi przez organy postępowaniami wyjaśniającymi lub sądowymi i prawem do obrony osoby, której dotyczy zgłoszenie);
• Kanały dostępu mają zapewnić przyjmowanie zgłoszeń pisemnie lub ustnie (telefonicznie, za pośrednictwem innych systemów komunikacji głosowej oraz na wniosek osoby dokonującej zgłoszenia na spotkaniu);
• Należy potwierdzić sygnaliście przyjęcie zgłoszenia w terminie 7 dni od jego otrzymania;
• Należy wyznaczyć bezstronną osobę lub bezstronny wydział właściwy do podejmowania działań następczych (do wyjaśnienia sprawy, komunikacji z sygnalistą);
• Wyznaczona osoba/wydział po uzyskaniu zgłoszenia podejmują działania następcze;
• Należy przekazać sygnaliście informacje zwrotne w rozsądnym, nie dłuższym niż 3 miesiące terminie.
• Obowiązkiem pracodawcy jest prowadzenie rejestru zgłoszeń (dyrektywa określa zasady jego prowadzenia).
• Obowiązkiem pracodawcy jest zapewnienie ochrony sygnalistom.