Dyrektywa przewiduje trzy ścieżki  zgłoszeniowe, z których skorzystać mogą sygnaliści:

• wewnętrzne kanały zgłoszeniowe w ramach struktur wewnętrznych danej organizacji sektora prywatnego lub publicznego;
• zewnętrzne kanały zgłoszeniowe w ramach wyznaczonych w tym celu organów administracji publicznej;
• ujawnienie publiczne poprzez podanie informacji o naruszeniach do publicznej wiadomości.

Dyrektywa faworyzuje wprawdzie korzystanie z kanałów wewnętrznych przed sięgnięciem po dalej posunięte metody ujawniania nieprawidłowości, jednakże ostateczna decyzja o doborze kanału zgłoszeniowego należeć będzie do sygnalisty. To na przedsiębiorcach spocznie zatem ciężar kształtowania procedur wewnętrznych i kultury korporacyjnej w sposób zachęcający sygnalistów do wewnętrznego raportowania nieprawidłowości tak, aby ograniczyć ryzyka prawne i reputacyjne związane z udostępnieniem wrażliwych informacji organom publicznym lub mediom.